Le FOFIFA représente la composante principale du Système National de Recherche Agricole à Madagascar. Placé sous la tutelle du Ministère de l'Education Nationale et de la Recherche Scientifique, il réalise toute les recherches intéressant le développement rural à part certaines recherches d'accompagnement exécutées dans des structures de production (cas du blé, de la pomme de terre).