Ecologie & Epidémiologie de l'influenza aviaire

Objectifs :

Le cycle épidémiologique de l’'influenza aviaire (IA) implique des interactions entre les populations de virus, d’hôtes et d’espèces sensibles ou réservoirs (oiseaux sauvages et domestiques, voire mammifères) et leur dynamique à différentes échelles : regroupements et migrations d’oiseaux sauvages, systèmes d’élevage, circuits de commercialisation. A ce jour, peu d’études ont été conduites pour déterminer les facteurs environnementaux d’endémisation et de diffusion de ces virus. Le rôle du milieu extérieur (eaux de surface, boues, etc.) dans la pérennisation de l’infection est mal connu.

La complexité du cycle est accrue par la grande plasticité génétique des virus de l'influenza, leur conférant une capacité d’adaptation et d’évolution qui aboutit à l’émergence de variants nouveaux. A l’intérieur d’un même sous-type, il existe par ailleurs des populations de virulences différentes. Enfin, malgré l’existence d’une certaine spécificité des types viraux et de leurs hôtes, le passage des barrières d’espèces est possible. Le cas du H5N1, transmissible à l’homme, illustre ce phénomène. Différentes questions se posent quant aux mécanismes d’interaction entre les virus et leurs hôtes qui vont déterminer l’évolution des populations virales et l’émergence d’épizooties.
Pour décrire et analyser les cycles, cette composante du projet s’appuiera sur des études longitudinales réalisées dans différents écosystèmes et régions du continent africain. La caractérisation des souches virales présentes en Afrique permettra de disposer d’une base de données de référence pour analyser les liens avec les souches identifiées en Europe ou en Asie.

Interaction entre communautés d'oiseaux sauvages et populations de virus

• Profils annuels de circulation virale dans les zones humides d'Afrique
• Relations entre groupes fonctionnels d'oiseaux sauvages et souches virales (co-évolution hôtes - virus)
• Modalités de la persistance des virus dans les écosystèmes africains
• Rôle des espèces d'oiseaux commensales dans la transmission des virus entre oiseaux domestiques et sauvages

Interaction virus - environnement

Projet RIVERS

Interaction entre populations d'animaux domestiques et population de virus

• Comparaison des souches circulant dans les populations d'oiseaux domestiques et sauvages
• Détermination des périodes de contamination des oiseaux domestiques
• Circulation de virus chez les mammifères domestiques et rôle dans le maintien des virus dans l'environnement

Mots clés :

Virologie moléculaire - Epidémiologie quantitative - Analyse de risque - Surveillance et faune sauvage

Terrains d'études :

- Afrique du Sud

- Ethiopie

- Madagascar

- Mali

- Mauritanie

- Vietnam

- Zimbabwe

Equipes Cirad :

Virologie :  Emmanuel Albina, Philippe Caufour, Patricia Gil, Saliha Hammoumi, Renata Servan de Almeida

Epidémiologie :  Véronique Chevalier, Stéphanie Desvaux, Sophie Molia

Ecologie :  Gilles Balança, Alexandre Caron, Nicolas Gaidet